巨噬細胞是先天免疫係統的一種特殊的 、長壽命的吞噬細胞 。巨噬細胞是三種吞噬細胞類型之一 ，還有粒細胞（中性粒細胞 、嗜酸性粒細胞和嗜堿性粒細胞）和樹突狀細胞（DCs） 。

大多數病原體通過呼吸道 、腸粘膜 、皮膚病變或泌尿生殖道進入宿 ，NOI個遇到的就是在粘膜下組織中的巨噬細胞 ，它們通常是NOI個遇到病原體的防禦細胞 。一旦微生物進入宿主並開始複製 ，它就被其中一種吞噬細胞所識別 ，並被吞噬形成吞噬溶酶體 ，然後再經過酸化和酶處理 ，產生高活性一氧化氮和超氧自由基來殺死病原體 ，這一過程稱為吞噬作用 。

一般來說 ，巨噬細胞可根據其功能和活化程度分為兩個亞型 ：經典激活的M1巨噬細胞和交替激活的M2巨噬細胞 。

M1巨噬細胞主要通過先天性和適應性免疫反應在Th1細胞募集 、病原體抵抗和腫瘤控製中發揮作用 ，在免疫失調疾病例如係統性紅斑性狼瘡，多發性硬化症 ，類風濕關節炎等會有高量的M1巨噬細胞存在 。

交替激活的M2巨噬細胞在病原體寄生蟲清除 、抗炎反應和代謝 、傷口愈合 、組織重塑 、免疫調節 、腫瘤進展和惡性腫瘤中發揮作用 ，與M2細胞典型相關疾病就是過敏和哮喘 。